IntelliJも他のIDE同様デバッグが簡単にできます。
もちろん複数のスレッドを同時にデバッグできるのですが、初期設定だと一つのスレッドが終わるまですべてのスレッドがSuspendされます。 最初はこういうものかなと思っていたんですが、設定で切り替えることができるようです。

手順

ブレークポイントをCtrl+クリックしてEditメニューを選択します。

表示されたポップアップのSuspendのところ、Allにチェックが入っていると思います。 これをThreadに変更します。もし今後すべての動作をThreadにするのであれば、右にある「Make Default」ボタンをクリックします。

これでスレッド毎にSuspendされるようになりました。

Best regards,
Katsumi