GlassFish-4.0からJDBCRealmクラスのパッケージが変更になった。
今までのパッケージは下記の通り。

com.sun.enterprise.security.auth.realm.jdbc.JDBCRealm

GlassFish-4.0からは下記のパッケージとなる。

com.sun.enterprise.security.ee.auth.realm.jdbc.JDBCRealm

Embeddedとして利用しているとかじゃないとあまり影響はないかもしれない。