Java8を入れたらGlassFishに付属しているDerbyが起動できなくなっていたので、下記を$JAVA_HONE/jre/lib/security/java.policyに追記しました。

permission java.net.SocketPermission "localhost:1527", "listen,resolve";

参考

• Java7u51以降でApache Derbyのネットワークサーバを使う場合の設定